Είναι ασφαλής για ασθενείς με στεφανιαίες ενδοπροθέσεις (stents) και τη συντριπτική πλειοψηφία των σύγχρονων προσθετικών καρδιακών βαλβίδων.
Κύρια αντένδειξη αποτελεί η παρουσία βηματοδότη/απινιδωτή μη συμβατού με το μαγνητικό πεδίο.
Η παρουσία καρδιακών αρρυθμιών (κολπική μαρμαρυγή, κοιλιακές αρρυθμίες- διδυμία) και η μη καλή συνεργασία του ασθενούς όσον αφορά την εκτέλεση των οδηγιών περιορίζουν τη διαγνωστική ακρίβεια της μεθόδου.
Το σκιαγραφικό μέσο που χρησιμοποιείται στη Μαγνητική Τομογραφία (γαδολίνιο) σπάνια μπορεί να προκαλέσει παρενέργειες όπως πονοκέφαλο, ναυτία και ζάλη ενώ εξαιρετικά σπάνια μπορεί να προκαλέσει αλλεργική αντίδραση.
Οι γυναίκες που θηλάζουν θα πρέπει να διακόψουν το θηλασμό για τουλάχιστον 24 ώρες μετά τη χορήγηση του σκιαγραφικού.
Η κλειστοφοβία θεωρείται αντένδειξη διενέργειας της Μαγνητικής Τομογραφίας.
Όπως με κάθε ακτινογραφία, έτσι και με την Αξονική Τομογραφία Καρδιάς ο ασθενής εκτίθεται σε ακτινοβολία. Τα επίπεδα της ακτινοβολίας θεωρούνται ασφαλή για τους ασθενείς.
Η κυριότερες αντενδείξεις της Αξονικής Τομογραφίας Καρδιάς είναι η σοβαρή νεφρική ανεπάρκεια ( eGFR < 30ml/min/1.73m2) και το ιστορικό αλλεργίας σε ιωδιούχο σκιαγραφικό.
Και στην Αξονική Τομογραφία, οι καρδιακές αρρυθμίες (κολπική μαρμαρυγή, συχνές έκτακτες κοιλιακές συστολές) και η αδυναμία συνεργασίας του ασθενούς να κρατήσει την αναπνοή δύνανται να μειώσουν τη διαγνωστική ακρίβεια.
Τα ιωδιούχα σκιαγραφικά αποβάλλονται μέσω των νεφρών. Ασθενείς με νεφρική νόσο ή σακχαρώδη διαβήτη θα πρέπει να καταναλώσουν επιπλέον υγρά μετά την εξέταση ώστε να επιτευχθεί ταχύτερη αποβολή του σκιαγραφικού.